Чтение строк из консоли и из файловой системы отличается способом получения данных:

• Чтение из консоли происходит через стандартный поток ввода, который представляет собой воображаемый файл, позволяющий осуществлять взаимодействие с пользователем как чтение файла. 1 Например, в Java для работы с консолью используется метод String readLine(), который считывает с консоли введённую пользователем строку. 4
• Чтение из файловой системы осуществляется через системный вызов read(), который читает данные из файла как последовательность байт без какой-либо интерпретации. 3 Например, функция fscanf() осуществляет форматированный ввод из файла, а не стандартного потока ввода. 5

Таким образом, основное отличие в том, что при чтении из консоли данные поступают через стандартный поток ввода, а при чтении из файловой системы — через системный вызов read() и работу с конкретным файлом.