Болотный кипарис отличается от других видов кипарисов несколькими особенностями:

• Листопадность. 12 Болотный кипарис сбрасывает иголки прямо перед зимой. 1
• Двурядное расположение листвы. 2 Маленькие простые листья прикреплены поочерёдно к веточкам, которые в свою очередь крепятся спирально к ветвям предыдущего порядка, но расположены на них в два горизонтальных ряда. 2
• Особые горизонтальные корни (пневматофоры). 45 Они вырастают на высоте 1–2 м и похожи на бутылки или конусы. 4 Такая корневая система обеспечивает дополнительное дыхание дереву, поэтому длительное пребывание в воде кипарису болотному не страшно. 4