Основные отличия автономного учреждения от бюджетного в образовательной системе:

1. Бюджетные учреждения более жёстко связаны с соответствующим уровнем бюджета. 1 В то время как автономное учреждение вправе открывать счета в кредитных организациях, подлежит обязательной аудиторской проверке и обязано ежегодно публиковать отчёты о своей деятельности. 1
2. Бюджетное учреждение отвечает по своим обязательствам только в объёме денежных средств, находящихся в его распоряжении, а автономное — всем своим имуществом, за исключением недвижимого и особо ценного движимого имущества, закреплённого за ним либо приобретённого за счёт средств собственника. 1
3. Бюджетное учреждение не вправе отчуждать либо иным способом распоряжаться имуществом, а автономное без согласия учредителя не вправе распоряжаться недвижимым имуществом и особо ценным движимым имуществом, закреплённым за ним либо приобретённым за счёт средств собственника. 1 Остальным имуществом, в том числе и недвижимым, автономное учреждение вправе распоряжаться самостоятельно. 1
4. За деятельностью автономного учреждения предполагается не только государственный, но и общественный контроль. 1 Общественный контроль осуществляется через участие представителей общественности в наблюдательном совете и доступ желающих к ряду документов, содержащих сведения о состоянии имущества и финансовой деятельности организации. 1

Таким образом, автономное учреждение имеет большую самостоятельность в решении имущественных и финансовых вопросов, в связи с этим в нём создаётся специальный орган управления — наблюдательный совет. 9