Чёрный марлин отличается от других видов марлинов жёсткими грудными плавниками. 15 После достижения половой зрелости они срастаются между собой и располагаются под прямым углом по отношению к продольной оси туловища. 1 Согнуть эти плавники невозможно, чего не скажешь об аналогичных плавниках голубого марлина. 1

Также у чёрного марлина более короткий клюв и более круглый и низкий спинной плавник. 5 Ещё одна отличительная черта — вытянутая в форму длинного копья верхняя челюсть, которая толще и длиннее, чем у остальных марлинов. 1

Кроме того, у чёрного марлина вытянутое, хотя и не сильно сжатое с боков тело, покрытое надёжной чешуёй. 2 Окрас спины — тёмно-синий, а бока и брюхо — серебристо-белые. 2