Согласно атеистическим представлениям, способность к самоорганизации у материи появилась благодаря термодинамике и фундаментальным свойствам Вселенной. 1

Самоорганизация — это природные скачкообразные процессы, переводящие открытую неравновесную систему, достигшую критического состояния в своём развитии, в новое устойчивое состояние с более высоким уровнем сложности и упорядоченности по сравнению с исходным. 3

Также существует мнение, что способность к самоорганизации обусловлена самим фактом существования материи, так как он говорит о том, что мир в основе своей един, и это единство обеспечивает способность материи к самоорганизации. 1

Следует отметить, что это лишь некоторые из возможных объяснений, и у разных атеистов могут быть свои аргументы в пользу той или иной причины.