Некоторые роли, за которые Джиллиан Андерсон получила награды:

• Премии Гильдии киноактёров США (1996 и 1997) — лучшая актриса драматического сериала за роли в сериале «Секретные материалы». 34
• «Эмми» (1997) — лучшая женская роль в драматическом сериале «Секретные материалы». 14
• «Сатурн» (1997) — лучшая жанровая телеактриса за сериал «Секретные материалы». 14
• «Золотой глобус» (1997) — лучшая женская роль на ТВ (драма) за сериал «Секретные материалы». 14
• «Золотой глобус» (2021) — лучшая женская роль второго плана в мини-сериале, телесериале или телефильме «Корона». 14
• Премия британского независимого кино (2000) — лучшая актриса за работу в фильме «Дом радости». 3
• Награда Ирландской академии кино и телевидения (2005) — лучшая зарубежная актриса за картину «Могучий кельт». 3
• Приз Гильдии писателей Великобритании (2006) — лучшая актриса за роль в сериале «Холодный дом». 3