Нельзя однозначно сказать, за какие работы Маргарет Куэлли получила наибольшее признание критиков, так как актриса несколько раз номинировалась на премии Гильдии актёров, «Эмми», «Золотой глобус». 5

Некоторые работы Куэлли, которые получили высокую оценку:

• Роль в сериале HBO «Оставленные». 1 Критики называли мистический триллер одним из лучших шоу современности и хвалили Куэлли за точное попадание в образ подростка, переживающего потерю и разрушение семьи. 1
• Главная роль в сатирическом боди-хорроре «Субстанция» режиссёра Корали Фаржа. 1 Картина удостоилась восторженных отзывов критиков и «Золотой пальмовой ветви» за лучший сценарий. 1
• Роль в фильме Йоргоса Лантимоса «Бедные-несчастные». 4 Картина получила восторженные отзывы критиков и несколько престижных наград. 4
• Главная роль в драматическом сериале Netflix «Уборщица. История матери-одиночки», где Куэлли сыграла вместе со своей матерью Энди Макдауэлл. 2 За эту работу она получила вторую номинацию на премию «Эмми» и первую на «Золотой глобус». 2