Уникальное строение токкаты и фуги ре минор заключается в следующем:

• Непрерывность развития музыкального материала (без перерыва между токкатой и фугой). 2 Форма состоит из трёх частей: токкаты, фуги и коды, которая, перекликаясь с токкатой, образует тематическую арку. 2
• Исключительная цельность композиции. 1 Драматический пафос музыкальных образов токкаты и её виртуозность согласованы с приподнято-патетическим стилем фуги. 1 Тема фуги органично вытекает из токкаты и служит её непосредственным продолжением. 1
• Кульминационный заключительный раздел фуги — большая кода патетического характера. 4 Здесь возвращаются образы токкаты, а полифонические приёмы уступают место гомофонно-гармоническим. 4 Вновь звучат массивные аккорды и виртуозные пассажи. 4
• Обилие интермедий в фуге. 4 Они в основном состоят из «ломаных» аккордов и их секвентного развития. 4 Благодаря этому полифонический стиль фуги несколько приближается к гомофонно-гармоническому, перекликаясь с импровизационной манерой токкаты. 4