Отличие кубинской хабанеры от испанской заключается в некоторых особенностях:

• Кубинская хабанера по своему ритму приближена к танго. 1 Отличительная деталь — постоянная ритмоформула аккомпанемента с пунктирным ритмом на первой доле, выдерживаемая в басу на протяжении всей пьесы. 1 Мелодическая линия обычно содержит синкопы и триоли. 1
• Испанская хабанера не закрепилась в народной музыкальной среде. 13 Она оставалась принадлежностью преимущественно музыкального быта некоторых портовых городов (в первую очередь Кадиса и Бильбао), но не потеряла популярности в качестве песни. 14

Таким образом, основное отличие заключается в том, что кубинская хабанера имеет характерные местные черты в музыке и хореографии, а в Испании она не стала частью народной музыкальной традиции.