Основная идея спектакля «Цветы для Элджернона» заключается в том, что интеллект ещё не есть суть человека, а эмоциональное понимание не зависит от уровня интеллекта. 15

Также постановка поднимает вопрос о том, является ли обладание знаниями гарантом счастья. 24 Даже становясь гением из человека с нижайшим IQ, главный герой Чарли Гордон не ощущает себя довольным, а его одиночество и неприкаянность становятся настоящей личной трагедией. 5

Кроме того, спектакль показывает, что не стоит пытаться менять естественный ход событий, потому что всё в итоге вернётся на круги своя. 3