Уникальность музея-заповедника «Томская писаница» заключается в нескольких аспектах:

• Древние наскальные рисунки. 15 На территории заповедника находится около 300 рисунков, или петроглифов, которые относятся к эпохам неолита и бронзы. 15 Среди них — изображения лосей, медведей, антропоморфные фигуры, солярные знаки, хищники, птицы и лодки. 1
• Отражение мировоззрения предков. 4 Наскальные изображения включают не только сцены охоты, но и отражают размышления первобытного человека о роли человека на Земле. 4
• Разнообразие экспозиций. 25 В музее есть, например, «Музей наскального искусства Азии» с копиями древних рисунков Сибири и Дальнего Востока, «Археодром» с воссозданными жилищами людей, живших на территории современного Кузбасса, и другие. 25
• Разнообразие флоры и фауны. 1 На территории заповедника найдено около 400 видов высших растений, из которых около 40 — редкие и нуждаются в охране. 1 Также здесь разнообразен животный мир: среди постоянных обитателей — лиса, норка, колонок, горностай, ласка, барсук, заяц, белка, бурундук и другие. 1
• Статус национального достояния. 24 В 2010 году музею был присвоен статус национального достояния России. 24