Разница между оригинальной трилогией аниме «Евангелион» и перезапуском (Rebuild of Evangelion) заключается в следующих аспектах:

• Темп повествования. 37 Фильмы Rebuild проходят в более быстром темпе, первый из них в считанные моменты охватывает то, что заняло первые несколько серий сериала. 3
• Персонажи. 37 В целом персонажи Rebuild лучше понимают самих себя и осознают, в чём заключаются их реальные проблемы, чем их коллеги из оригинального сериала. 3
• Состав ангелов. 2 В фильмах Rebuild всего 13 ангелов, некоторые ангелы из оригинальной серии отсутствуют, в неё вставлены новые. 2
• Скачок во времени. 37 Третий фильм Rebuild показывает скачок во времени на 14 лет в будущее, что делает всё с этого момента радикально иным. 37
• Концовки. 28 У оригинала и перестроенных версий разные концовки. 28

Rebuild of Evangelion не является перезагрузкой или продолжением, а занимает место между ними, выступая метафизическим финалом всей франшизы Neon Genesis Evangelion. 37