Некоторые части библиотеки Ватикана остаются закрытыми для широкой публики из-за ограниченного доступа к секретному архиву. 12 В нём хранятся документы пап и их представителей, отдельных семейств, а также наследие монастырей, орденов, аббатств и множество манускриптов, имеющих историческую ценность. 1

В секретный архив и закрытые фонды библиотеки могут попасть только учёные и специалисты, которых власти Ватикана после тщательной проверки сочтут достаточно благонадёжными для работы с уникальными документами. 1

Ещё одна причина закрытости некоторых частей библиотеки — огромный объём и ограниченность исследований. 3 Папская курия строго отбирает исследователей, кому разрешает доступ к фондам библиотеки. 3 Нужно отправить мотивированный запрос, что именно надеешься обнаружить в ней, а дирекция ещё решит, является ли исследователь достаточно благонадёжным для работы там, не собирается ли он нанести урон авторитету церкви. 3