Мультфильм «Звёздные войны: Войны клонов» не считается каноничным, потому что в 2014 году компания Lucasfilm объявила его и другие произведения Расширенной вселенной «Легендами Звёздных войн», относя к неканоничным работам. 24

Отныне только события I–VI эпизодов «Звёздных войн», мультфильма «Войны клонов» и основанного на нём сериала могут рассматриваться как основа для дальнейших работ в рамках Вселенной «Звёздных войн». 2 Все остальные ранее созданные работы, которые могут полностью или частично соответствовать событиям нового канона, не могут использоваться для создания новых работ. 2

По словам шоураннера «Звёздных войн: Войны клонов» Дэйва Филони, решение было принято из-за вопиющих канонических ошибок в мультфильме, и проще было удалить его из официального канона, чем пытаться объяснить, почему он так отличался от остальных принятых историй. 1