Аниме «Евангелион» вызвало споры среди фанатов по нескольким причинам:

• Изменение концепции сериала. 2 С каждым эпизодом у персонажей появлялись всё большие проблемы с общением, на их долю выпадали боль и смерть. 2 История перестала следовать стандартному для аниме пути, ведущему к счастливому концу. 2 Это вызвало недовольство фанатов, не способных вынести истории о страдающих персонажах. 2
• Последние два эпизода. 2 Они отбросили все предшествующие загадки и сконцентрировались на психологии главного героя Синдзи. 2 Эти эпизоды вызвали среди фанатов как положительные, так и отрицательные отзывы. 2
• Множество отсылок к религии. 12 Сериал содержит множество отсылок к христианству, кабалле, иудаизму. 1 После выхода сериала аниматор Кадзуя Цурумаки отрицал религиозную трактовку шоу, заявляя, что символы добавили, чтобы сделать шоу более «экзотическим». 1
• Перегруженность деталями. 4 Некоторые зрители отмечают, что «Евангелион» перегружен ненужными деталями. 4

Кроме того, в аниме много комплексных и неоднозначных моментов, а также «белых пятен» сюжета, что также способствует возникновению дискуссий. 1