Сергей Никоненко внёс значительный вклад в развитие советского и российского кино как актёр, кинорежиссёр и сценарист. 14

Как актёр Никоненко исполнил более чем в 210 фильмах и сериалах, его персонажи отличаются достоверностью и узнаваемостью. 2 Он способен освоить разный материал и в каждом случае быть естественным и убедительным. 2

Как режиссёр Сергей Никоненко снял 17 кинокартин и один сериал «Аннушка». 14 В его режиссёрских работах есть тяготение к лирике и подробному бытописанию. 2 Последняя картина Никоненко-режиссёра — «Охота жить» (2014). 2

Кроме того, в 1998 году Никоненко продюсировал фильм «Райское яблочко». 3