Помимо Музея мыши, в Мышкине есть и другие уникальные музеи, например:

• Музей уникальной техники «Мышкинский самоходъ». 34 Посвящён раритетной технике, здесь можно найти довоенные и фронтовые автомобили, речные суда, авиационную турбину, паровой локомобиль, велотехнику и даже лимонадные и колбасные машины XIX века. 3
• Музей Петра Смирнова. 12 Посвящён создателю знаменитой водки, который поставлял свою продукцию к столам русского и шведского императоров. 1
• Музей истории города, или Музей столицы лоцманов. 3 В экспозиции представлены предметы и вещи из разных исторических эпох города Мышкина: от каменного века и Средневековья до двадцатого столетия. 3 Есть экспонаты, которые принадлежали знаменитым людям: например, письменный стол Н. А. Некрасова и книги историка Ф. К. Опочинина. 3
• Музей крестьянской архитектуры малых форм. 5 Историко-этнографический музей под открытым небом, где собраны различные жилые и хозяйственные постройки, привезённые из разных районов Ярославской области, относящиеся преимущественно к дореволюционному периоду. 5
• Музей-галерея кукол Ольги Палычевой. 5 Уникальный частный музей, где представлена частная коллекция всевозможных кукол и игрушек. 5
• Музей льна. 5 В экспозиции представлены этапы обработки льна, можно поучаствовать в мастер-классе по изготовлению льняной куколки. 1