Некоторые уникальные коллекции и экспонаты, представленные в Музее Мирового океана:

• Естественнонаучные коллекции. 1 Геологическая, палеонтологическая, раковин морских моллюсков, скелетов кораллов, влажные препараты. 1 Уникальны коллекция палеонтологических образцов янтаря с инклюзами и палеонтологическая коллекция ископаемых морских рыбообразных и рыб. 1
• Скелет кашалота. 23 Зубатого кита добыли в 1975 году — он стал последним выловленным животным до запрета китобойного промысла и одним из самых больших в мире. 3
• Глубоководные обитаемые аппараты «Мир-1» и «Pisces-VII». 2
• Суда-музеи у причала набережной реки Преголя. 2 Здесь есть рыболовное судно СРТ-129, подводная лодка Б-413, судно космической связи «Космонавт Виктор Пацаев», плавучий маяк «Ирбенский». 2
• Научно-исследовательское судно «Витязь». 24 Это настоящая легенда океанологии: за 30 лет своей службы под флагом Академии наук «Витязь» совершил 65 научных рейсов и прошёл 800 тысяч миль. 2 С борта судна учёные смогли измерить максимальную глубину Марианской впадины — 11022 метра. 2