Некоторые уникальные коллекции, которые хранятся в Костромском музее-заповеднике:

• Археологические коллекции. 2 В музее представлены материалы с мест древних стоянок первобытного человека в районе Костромской низины и на берегу Галичского озера. 2 Также в фонде есть коллекции, отражающие материальную и духовную культуру племён «костромской мери» (посуда, бронзовые украшения, железные предметы бытового назначения, инструменты, предметы вооружения). 2 Ещё одна коллекция — предметов из раскопок костромских курганов XI–XIII вв.. 2 В её состав входят предметы вооружения и быта, культовые вещи (подвески-иконки, нательные кресты), женские украшения. 2
• Наследие Ефима Честнякова. 3 Костромской музей-заповедник — главный хранитель наследия художника, писателя, мыслителя, педагога Ефима Честнякова. 3 В собрании музея свыше 100 живописных произведений Ефима Васильевича, более 1000 графических листов, около 100 «глинянок», а также многочисленные рукописи, фотографии, личные вещи. 3
• Коллекция оружия. 4 Это самая крупная частная коллекция оружия в собрании музея-заповедника. 4 В неё входят корабельные и шлюпочные пушки XVIII в., офицерские шашки и сабли второй половины XIX — начала XX вв.. 4