Некоторые уникальные экспозиции, представленные в музейном комплексе Петропавловской крепости:

• «История Санкт-Петербурга. Век XVIII». 13 Экспозиция посвящена дореволюционной истории города на Неве. 1 В ней представлены предметы и документы из собраний Государственного музея истории Санкт-Петербурга, Эрмитажа, Русского музея и других организаций. 13 Среди экспонатов: мраморный бюст Петра Великого, символические ключи от Санкт-Петербурга 1770 года, ларец для их хранения. 13
• «История приневских земель до основания Санкт-Петербурга». 13 Экспозиция рассказывает о существовавших здесь русских поселениях, об основанной новгородцами в XIV веке крепости Орешек и шведской крепости Ниеншанц. 13 В ней представлены археологические находки, гравюры и макеты. 13
• «Строящийся Петербург». 3 Раздел посвящён основанию Санкт-Петербурга в 1703 году, его стремительному строительству и развитию в петровскую эпоху. 3 В экспозиции есть масштабная инсталляция из строительных лесов и фрагментов возводящихся зданий. 3
• «Эпоха правления императриц Анны Иоанновны и Елизаветы Петровны». 3 В этом зале Санкт-Петербург предстаёт во всей красоте и пышности архитектурного стиля — барокко. 3 Главным представителем этого стиля в Петербурге был Франческо Растрелли. 3
• «Повседневная жизнь Петербурга XVIII — начала XIX века». 4 В экспозиции представлены гравюры, фарфор и иллюстрации, которые представляют галерею персонажей из народа: уличных торговцев, сапожников, старьевщиков. 4
• «История колокольни Петропавловского собора». 5 Экспозиция, размещённая в колокольне собора, знакомит с основными этапами её строительства, реконструкции и реставрации. 5