Некоторые уникальные экспонаты, которые представлены в подземном музейном комплексе Балаклавы:

• Подводная лодка С-49 (ПЗС-50) проекта 633. 25 Это единственный уцелевший корабль серии, все остальные субмарины в разное время были утилизированы. 2 Лодка служила для испытания сверхсекретных ракето-торпед, пуск которых производили из-под воды. 4
• Спускаемый космический аппарат типа «Союз». 3 Его использовали для учений космонавтов. 3
• Скафандр «Сокол» КВ-2 Героя Российской Федерации Олега Скрипочки. 3
• Кресло-ложемент космонавта, разработанное специально для облегчения нагрузок при запуске и посадке. 1
• Макет современного российского многоместного транспортного пилотируемого корабля серии «Союз». 1
• Фотографии, которые сделали космонавты Юрий Гагарин и Герман Титов во время подготовки подлодки «С-69» в море. 1

В музейном комплексе также есть экспозиция «Космическая одиссея», которая рассказывает о советской эпохе освоения космоса. 1