Музыкальные стили, которые использовали участники группы Nautilus Pompilius в своих композициях, менялись в зависимости от периода творчества коллектива: 12

• Хард-рок — начальный период (1982–1984). 1
• Новая волна — основной жанр во время популярности группы в середине 1980-х годов (1984–1988). 1
• Глэм-рок — период (1986–1988). 1

Также творчество Nautilus Pompilius пересекается со многими направлениями рок-музыки, среди которых: альтернативный рок, постпанк, готик-рок, арт-рок, симфо-рок, инди-рок, фолк-рок. 12