Нельзя однозначно сказать, какие режиссёрские работы Бориса Бабочкина самые известные. Но есть информация о некоторых постановках, которые относятся к числу его работ и считаются значимыми:

• «Дачники» М. Горького (1939) — крупнейшая режиссёрская работа Бабочкина, где он играл роль Власа. 23
• «Царь Потап» А. А. Копкова (1940). 14
• «Новогодняя ночь» А. К. Гладкова (1946) в Театре имени Евгения Вахтангова. 1
• «Иванов» А. П. Чехова (1960, заглавная роль). 1
• «Дачники» (1964, Суслов). 13
• «Достигаев и другие» (1971, Достигаев). 1
• «Фальшивая монета» (1972) М. Горького. 1
• «Правда – хорошо, а счастье лучше» (1965, Грознов) А. Н. Островского. 1
• «Гроза» (1974, Кулигин) А. Н. Островского. 1

Также Бабочкин поставил фильмы «Родные поля» (1945, Выборнов) и «Повесть о „Неистовом“» (1947, Никитин). 1