В составе экскурсий по Музею Мирового океана в Калининграде можно посетить, например, следующие объекты:
- Суда-музеи у причала набережной реки Преголя. 1 Среди них — рыболовное судно СРТ-129, подводная лодка Б-413, судно космической связи «Космонавт Виктор Пацаев», плавучий маяк «Ирбенский». 1
- Главный корпус. 3 Здесь находятся аквариумы и экспозиция «Глубина», где представлен глубоководный обитаемый аппарат «Мир-1». 3
- Выставочный павильон «Куб воды». 2 В нём представлена история российского флота и рассказывается о географических открытиях военных моряков. 2
- Выставочный комплекс «Пакгауз». 1 Музей занимает бывшие портовые склады, главный экспонат — археологическая находка «Корабль XIX века». 1
- Бастион «Литва». 2 Это фортификационное сооружение XIX века, экспозиция которого связывает морскую тематику музея с сухопутной историей города. 2
- Королевские и Фридрихсбургские ворота. 1 Два памятника фортификационной архитектуры Калининграда, которые превратились в историко-культурные центры и экспозиции Музея Мирового океана. 1
- Старый маяк в посёлке Заливино. 2 Музей отреставрировал не только сам маяк, но и прилегающие постройки, создав комплекс, рассказывающий об истории маячной службы. 2