Съёмки фильма «Летучий корабль» проходили в павильонах студии «Мосфильм». 12 Из-за жанровой специфики проекта и обильного использования компьютерной графики большая часть съёмок прошла именно там. 1

Внешний вид волшебного замка снимался в подмосковной дворянской усадьбе Марфино. 1 Балконом тронного зала Царя стал центральный балкон на фасаде усадьбы. 1 Кроме того, на площади у этого балкона были возведены декорации и построено небольшое рыбацкое поселение. 1

Также четыре дня съёмки проходили на настоящем болоте. 1

Ещё один факт: летучий корабль — тоже настоящий — построили в одном из съёмочных павильонов. 3