Музеи-заповедники отличаются от других исторических музеев тем, что их деятельность охватывает не только музейные предметы и коллекции, но и недвижимые объекты культурного наследия, а также окружающую их территорию. 45

В отличие от обычных музеев, которые часто ограничиваются выставочной деятельностью, музеи-заповедники активно участвуют в исследовательской, образовательной и охранной работе, направленной на поддержание исторической целостности и устойчивости культурных ландшафтов. 1

Ещё одно отличие заключается в организационной структуре: музеи-заповедники, как правило, имеют более сложную структуру, включающую не только кураторов и исследователей, но и специалистов по охране окружающей среды. 1 Это позволяет проводить мероприятия по сохранению экосистем, находящихся вблизи культурных объектов. 1