Аллонимы и криптонимы отличаются целями использования в литературном мире.

Аллоним — это имя другого реально существующего или существовавшего лица, которое автор использует вместо собственного имени при обозначении авторства произведения. 17 Аллонимы предназначены не для того, чтобы скрыть истинное имя автора, а чтобы подчеркнуть какую-либо его особенность. 1 Например, авторы поздней Античности и Средневековья использовали аллонимы, чтобы именем более раннего и авторитетного автора придать больше уважения своему произведению. 17

Криптоним — это подпись под произведением вместо имени автора, которая не предполагает возможности отождествить её с тем или иным конкретным лицом. 29 Криптонимы рассчитаны на то, чтобы скрыть подлинного автора произведения. 29 Обычно такими подписями пользуются при обнародовании рискованных произведений или тех, которые отличаются от той творческой деятельности, с которой уже прочно связано подлинное имя автора. 29

Таким образом, основное отличие в том, что аллонимы предназначены для подчёркивания особенностей автора, а криптонимы — для сокрытия его подлинного имени.