Чем отличается прогонная репетиция от обычного прогона?

Возможно, имелись в виду понятия «прогон» и «прогонная репетиция».

Прогон — это репетиция всего спектакля от начала до конца. web.archive.org Во время прогона режиссёр объединяет в единое целое все компоненты постановки: актёров, музыку, декорации, свет, перемены. web.archive.org

Прогонная репетиция — это проверочный просмотр спектакля или отдельной сцены, акта. kopilkaurokov.ru multiurok.ru Прогоны могут быть в костюмах, в гриме, с музыкой, декорациями. kopilkaurokov.ru Цель таких репетиций — соединить логические куски и события, проследить, выстраивается ли тема и идея спектакля, проверить образное решение (костюм, грим), выявить световую и музыкальную партитуру спектакля, выстроить темпо-ритмический график. kopilkaurokov.ru

Таким образом, прогонная репетиция — это один из видов прогона, но не все прогоны называют прогонными репетициями.