Чем отличается парная молдавская флейта от одинарной?

Возможно, имелась в виду парная флейта в целом, а не конкретная молдавская разновидность.

Парная флейта (двойная флейта) состоит из двух флейт со свистковым устройством, которые используются исполнителем одновременно или чередуются друг с другом. ru.ruwiki.ru

Некоторые особенности парной флейты:

• Флейты неравной длины. etmus.ru
• Каждая из них имеет «пальцевые» отверстия, которые при игре то закрываются пальцами, то открываются. etmus.ru
• Звуки извлекаются из флейт или одновременно (получаются двузвучия), или порознь. etmus.ru

Молдавская флейта, или най, представляет собой многоствольный инструмент, который состоит из нескольких продольных трубок (до 24 штук). ddn24.ru www.bolshoyvopros.ru Дополнительно высоту тона регулируют с помощью вкладывания внутрь мелких предметов (бусинок, зёрен, мелких камней). ddn24.ru