Аниме Fullmetal Alchemist: Brotherhood отличается от других частей франшизы по следующим параметрам:

• Основано на законченной манге. 1 В первой экранизации, созданной на ранних стадиях развития манги, режиссёрам пришлось додумывать историю, так как на момент выхода не было новых глав. 1 Brotherhood полностью следует сюжету манги. 2

• Сюжет. 2 В Brotherhood главные антагонистом является персонаж, которого называют Отцом. 2 Его конечной целью было украсть силу того, кого он называет «Богом», и стать существом бесконечной силы и знаний. 2

• Гомункулы. 2 В Brotherhood гомункулы были созданы Отцом, каждый из которых представлял один из смертных грехов. 2 В первой экранизации гомункулы были результатом неудачной попытки выполнить трансмутацию человека. 2

• Роль Врат. 2 В Brotherhood Врата являются источником всей алхимии и источником бесконечных знаний. 2 В первой экранизации Врата по-прежнему являются источником алхимии, но они также служат порталом между миром «Стального Алхимика» и Землёй. 2

• Анимация. 4 Brotherhood отличается более продвинутой анимацией и яркой цветовой палитрой. 4

• Тематическая направленность. 4 В Brotherhood главными темами являются неотъемлемая ценность человеческой жизни и выход из порочного круга мести. 4 В первой экранизации исследуются пределы науки и вопрос о том, как люди могут этично заниматься научными исследованиями. 4