Некоторые отличия между оригинальной кампанией Doom 3 и дополнением The Lost Mission:

• Сюжет: The Lost Mission — ответвление сюжета оригинальной игры, где игрок берёт на себя роль последнего выжившего члена команды «Браво», которая попала в засаду демонов в Doom 3. 12 В The Lost Mission нужно помочь учёному уничтожить экспериментальную матрицу телепортации, которая была захвачена демонами в Аду. 12
• Уровни: The Lost Mission состоит из 8 новых уровней, которые изначально были вырезаны из Doom 3. 13 При этом уровни по большей части используют знакомые декорации, которые подверглись незначительным изменениям. 2
• Контент: The Lost Mission не вводит в игру никакого нового оружия или монстров. 1 Дополнение повторно использует контент из Doom 3 и Resurrection of Evil, исключая некоторых персонажей и предметы. 13 Например, Потерянные Души заменяются Забытыми, Кибердемона, Саваофа, Вульгаров, Адских охотников, Маледикта и Артефакта. 13
• Визуальные эффекты: в The Lost Mission используются обновлённые визуальные эффекты BFG Edition, а также некоторые области, которые появились в Doom 3. 13
• Персонаж игрока: в The Lost Mission персонаж игрока — первый морской пехотинец, который действительно вошёл в ад. 13 В Doom 3 герой должен добраться до Delta Labs и пробираться через многочисленные препятствия. 1