Некоторые основные отличия LEGO Marvel Super Heroes от предыдущих версий LEGO-игр:

• Сюжет. По сюжету различные супергерои вселенной Marvel объединяют усилия в противостоянии с Доктором Думом и Локи, у которых имеется собственная армия суперзлодеев для завоевания Земли. 2
• Количество персонажей. В Marvel Super Heroes их 180, каждый из которых обладает уникальными способностями. 2
• Локации. Ключевой локацией игры является Lego-версия Манхэттена (штат Нью-Йорк), где игрок может исследовать такие места, как острова Свободы и Райкера. 2 Также разработчики создали Lego-версию Асгарда. 2
• Дополнительные квесты. Помимо общих заданий по борьбе с негодяями, в игре доступны дополнительные квесты, которые прохожие буквально выкрикивают отдельным персонажам. 1
• Интерактивные предметы. Вокруг много интерактивных предметов, взаимодействовать с которыми могут только определённые персонажи. 1