Некоторые отличия игровой механики Sid Meier's Civilization: Beyond Earth от других частей серии:

• Выбор нации. 4 В отличие от предыдущих игр серии, игрок выбирает не одну из исторических империй, а принимает определённые решения в начале игры (например, какая организация финансировала экспедицию, какой космический корабль доставил колонистов на планету, кого и что они привезли с собой). 15
• Свободный выбор направлений развития. 15 Разработчики отказались от линейного «технологического дерева», сделав упор на свободный выбор направлений развития игроками. 15
• Система «совершенств». 1 Это общие философии, влияющие на прогресс цивилизации. 1 Следуя им, можно получить доступ к уникальным юнитам. 1
• Энергетика и производство. 5 Вместо денег в Beyond Earth ввели понятие энергии, которая необходима для содержания юнитов, многих зданий, покупки новых клеток территории. 5 Также есть понятие производства, которое влияет на то, что и как скоро можно построить в городе. 5
• Система «Достоинств». 3 Это система игровых бонусов, в которой в разные моменты игры предлагается таблица с четырьмя графами: Мощь, Процветание, Знания и Индустрия. 3 В зависимости от выбора, игрок усиливает то или иное направление своей колонии. 3
• Система дипломатии. 5 Добавлены очки дипломатии, которые можно тратить на заключение соглашений с другими лидерами или улучшение четырёх личных умений лидера игрока. 5 Также появились понятия уважения и страха лидеров, управляемых искусственным интеллектом, по отношению к игроку, которые влияют на уровень их «дружелюбия». 5