Некоторые ключевые отличия механики Sonic Mania от предыдущих частей серии:

• Нелинейность уровней. 1 Каждый этап можно проходить несколькими способами, некоторые из которых эксклюзивны для определённых персонажей. 1 Это превращает прохождение за каждого из трёх героев в отдельную кампанию. 1
• Разнообразие маршрутов и секретов. 2 Можно просто пройти уровень как можно быстрее или досконально исследовать локации, ища скрытые пути. 2
• Бонусные этапы. 2 Одни из них представляют собой погоню за НЛО с целью заполучить Изумруд Хаоса, выполненные в трёхмерной графике. 2 В других нужно проходить лабиринт на шарообразной поверхности, пересекая синие сферы и избегая красных. 2
• Особые способности персонажей. 2 Например, ёжик Соник может применять Drop Dash, благодаря которой он выполняет рывок после падения, лисёнок Тейлз использует свой пушистый хвост для полётов и плавания, а ехидна Наклз умеет взбираться по стенам и планировать в воздухе. 2
• Смена окружения. 3 Эта особенность взята из Sonic CD и вставлена в локацию из Sonic & Knuckles. 3 Окружение меняется после выполнения определённых условий. 3