Уникальная механика совместного управления двумя персонажами в Brothers: A Tale of Two Sons заключается в том, что один игрок управляет сразу обоими героями при помощи одного контроллера — за каждого брата отвечает свой джойстик. 2

Управление организовано так: старшим братом управляют левым джойстиком, а младшим — правым. 24

Такая система накладывает определённые ограничения на геймплей: 1

• Нельзя создавать большие, ветвящиеся локации, которые каждый из братьев должен исследовать независимо. 1
• Нужно придерживаться определённой ориентации двух персонажей: младший из братьев всегда должен находиться справа. 1 Камера самостоятельно пытается повернуться под таким углом, чтобы скорректировать положение персонажей относительно друг друга. 1
• Иногда, когда требуются усилия одновременно двух братьев, игра вынуждает использовать младшего справа, а старшего — слева. 1

Эта необычная раскладка позволила создать множество интересных головоломок, так как даже обыкновенные действия в таких условиях кажутся немного странными. 2