Сюжет игры Spec Ops: The Line разворачивается в Дубае, который превратился в зону бедствия после серии масштабных песчаных бурь. 1

Задача главного героя, капитана Мартина Уокера, — выяснить судьбу полковника Конрада и его отряда, который исчез в ходе попытки эвакуации города. 4 Для этого армия направляет в Дубай отряд спецподразделения «Дельта». 1

По мере продвижения по Дубаю Уокер и его команда сталкиваются с различными фракциями враждебных сил и оказываются втянутыми в конфликт. 4 Что послужило причиной войны между батальоном Конрада и местными, остаётся загадкой. 2

Уокер объявляет солдат 33-го батальона предателями и активно вступает в конфликт, провозглашая целью спасение мирного населения. 2 Однако Уокер не догадывается, что агенты ЦРУ не рассматривают возможность эвакуации кого бы то ни было — они хотят окончательной смерти для Дубая. 2

Ввязавшись в междоусобицу, Уокер непреднамеренно становится сначала убийцей, обрёкшим на мучительную смерть десятки несчастных, которых пытался спасти из рук 33-го, а позже, когда замысел ЦРУ удался, и соучастником геноцида оставшегося населения Дубая. 2

Не желая принимать собственной вины в произошедшем, Уокер исполняется ненавистью к Конраду, обвиняя его во всём произошедшем, и сам не замечает, как начинает сходить с ума. 2

Игра имеет несколько концовок, которые зависят от решений, принятых игроком в течение игры. 4 В зависимости от моральных выборов и действий игрока, история может принимать различные обороты. 4