Сюжет серии Assassin's Creed основан на многовековой войне между тамплиерами и ассасинами. 2 Действие происходит в разные эпохи в истории человечества и в разных странах, на фоне различных исторических событий, таких как Третий крестовый поход или Великая французская революция. 3

Главный герой — Дезмонд Майлс, дитя ассасинов. 2 Он с помощью машины «Анимус» переживает заново события далёкого прошлого. 2 Его цель — узнать, где его предки спрятали Частицы Эдема и достать их раньше тамплиеров, пройдя через множество заданий. 2

Идея сюжета базируется на том, что человек обладает генетической памятью, в которой хранятся сведения о жизнях его предков. 4 Машина «Анимус», созданная корпорацией Abstergo Industries, извлекает генетическую память из ДНК человека и позволяет ему переживать эпизоды жизни пращуров как своей собственной. 4