Основная суть сюжетной линии франшизы Command & Conquer заключается в противостоянии двух фракций за контроль над инопланетным минералом тиберием. 15

По сюжету в начале 90-х годов на Землю в районе реки Тибр (в Италии) падает метеорит, который становится источником распространения тиберия. 1 Исследования выявляют, что инопланетный минерал обладает очень сильным энергопотенциалом и представляет большую ценность для экономики мира. 1 Однако вскоре оказывается, что тиберий также вызывает мутации и уничтожает биосферу планеты. 1

Начинается война между двумя противоборствующими сторонами: 1

1. Силами ООН, поддерживаемыми альянсом развитых стран — Глобальный Совет Безопасности (GDI). 1
2. Древней религиозной сектой и террористической организацией, называющей себя Братство Нод (NOD) под предводительством загадочного лидера Кейна. 1 Он считает, что тиберий должен стать основой нового облика Земли. 1

Сюжет игры вертится вокруг инопланетного артефакта «Тацит», обладать которым хотят обе стороны. 1 Кейн, считавшийся погибшим, возвращается — у него есть план по превращению Земли в новый, лучший мир — мир тиберия, подчинённый его воле. 1 GDI же всеми силами стремится не допустить этого. 1

Попутно оба блока хотят склонить к союзу третью сторону — сообщество мутантов «Забытые». 1 Они хотели бы сохранить нейтралитет, но в результате действий игрока помогают одной из сторон. 1