Механика прогрессирования в Twilight Forest заключается в открытии различных крепостей с боссами и других структур в определённом порядке. 1 Окончание текущего шага открывает следующий. 1

Некоторые зоны не включены в систему прогрессирования. 12 Их можно исследовать в любой момент, где бы они ни находились. 1 К таким зонам относятся, например, садовые лабиринты, полые холмы, роща квеста и одиночные комнаты. 1

Основной метод прогрессирования — защита структур, которые ещё не были разблокированы. 1 В таких местах блоки несокрушимы, сундуки закрыты, а монстры не получают урон. 1

Кроме того, защита распространяется и на окружающий структуры биом. 1 Это влияет на погоду и климат в биоме, а также накладывает на игрока различные негативные эффекты, например, прямой урон или условия, мешающие находиться в защищённом биоме (слепота, горение и другие). 1