Геймплей Metal Gear Solid: VR Missions направлен на тестирование и совершенствование навыков скрытного прохождения игры. 1

Миссии разделены на четыре категории: 2

1. Sneaking Mode (60 миссий). 2 Нужно достичь цели, не будучи замеченным противником. 2 Игрок может выбрать режим «Без оружия» или SOCOM. 2 В режиме SOCOM нужно устранить всех врагов, чтобы разблокировать цель. 2
2. Weapon Mode (80 миссий). 2 Нужно уничтожить все цели назначенным оружием. 2 В этом режиме есть несколько типов целей, которые ведут себя по-разному. 2
3. Advanced Mode (80 миссий). 2 Нужно победить всех врагов назначенным оружием. 2 В отличие от Sneaking Mode, миссия продолжается, даже когда игрока обнаружат (хотя за завершение миссии незамеченным даётся бонус). 2
4. Special Mode (80 миссий). 2 Разнообразные миссии, которые не относятся к предыдущим категориям: загадки, испытания на время, встречи с НЛО, борьба с Genola (гигантским Геномным Солдатом) и миссии, в которых игрок управляет киборг-ниндзя. 2

Чтобы пройти игру на 100%, каждую миссию нужно выполнить дважды: на практике и с ограничением по времени. 1

В VR Missions больше используются гранаты, ракеты Nikita и снайперские винтовки, чем в основной игре. 1