Некоторые особенности игрового процесса Warcraft III: The Frozen Throne по сравнению с оригинальной игрой:

• Более глубокая и непредсказуемая сюжетная линия. 4 Действие разворачивается в рамках трёх кампаний: Ночных эльфов, Кровавых эльфов и Нежити. 2 Каждая рассказывает о трёх сторонах конфликта, чьи судьбы в итоге переплетаются в одной точке. 2
• Новые боевые единицы и элементы игровой вселенной. 1 Например, добавлена раса Наг, у каждой стороны — новый герой и несколько типов бойцов. 1 Баланс сместился в сторону атакующих действий, особенно это заметно у армии эльфов. 1
• Возвращение морских сражений. 34 Хотя самостоятельно строить морские суда нельзя, их можно покупать в определённые моменты сюжетной линии. 1
• Возможность построить лавку для торговца артефактами прямо на своей базе. 4
• Редактор карт. 2 Это ключевое нововведение, которое позволило создавать собственные миссии, многопользовательские карты и даже целые игры. 2
• Повышение сложности. 4 По некоторым оценкам, по сложности игра превосходит свою предшественницу. 4
• Нововведение для мультиплеера — разбросанные по карте руны, которые мгновенно пополняют здоровье или ману подобравшего их персонажа. 3