Некоторые особенности игрового процесса в The Callisto Protocol:

• Линейный характер. 4 Игрок всегда перемещается вперёд, строго в одной плоскости, без пауз или значимых ответвлений. 4
• Отсутствие подсказок при передвижении. 1 При прохождении локаций нужно самостоятельно выбирать путь, иногда сталкиваясь с развилками: один путь ведёт по сюжету, второй создан для получения дополнительных ресурсов. 1
• Разнообразие геймплея. 1 Игроку приходится использовать разное оружие, менять модификации в момент сражения, тактически использовать локации, прятаться от части врагов за препятствиями. 1
• Система лечения. 1 Помимо инъекций лечения, есть ресурс «здоровье», который действует сразу, без дополнительных манипуляций. 1 Инъекции нельзя использовать мгновенно, анимация занимает некоторое время. 1
• Получение ресурсов. 1 Врагов можно затаптывать для получения различных ресурсов, от инъекций здоровья до патронов. 1 Все ресурсы можно продать за местную валюту — кредиты Каллисто, на которые можно приобрести другие ресурсы или купить улучшение для оружия. 1