Некоторые особенности игрового процесса Super Mario 3D Land по сравнению с предыдущими играми серии Mario:

• Использование 3D-эффекта. 14 Super Mario 3D Land — первая игра, в которой 3D непосредственно участвует в игровом процессе. 1 Некоторые локации построены так, что без включения 3D-эффекта не видно выступы, на которые необходимо прыгать. 4
• Разнообразие уровней. 45 Каждый уровень отличается от предыдущего. 5 Например, есть уровни с управляемыми вагонетками, которые могут съезжать на соседние рельсы, используя вертикальные потоки воды, или уровни, в которых платформы появляются и исчезают под музыку. 1
• Использование специальных звёздных монет. 1 Они открывают новые локации, продвигая игрока по сюжетной линии. 1 Для некоторых звёздных монет необходимо использовать специальные предметы, например, цветок, который даёт возможность бросать огненные шары и зажигать факелы. 1
• Костюм Тануки. 14 Он переодевает Марио в костюм енотовидной собачки, который замедляет падение, позволяет атаковать врагов пушистым хвостом и решать некоторые загадки. 1
• «Супермиры». 15 После прохождения сюжетного режима открываются «Супермиры» — усложнённые версии обычных миров. 15 На них добавляются новые препятствия или условия, например, за Марио начинает бегать тёмный двойник, который полностью повторяет движения водопроводчика. 5