Некоторые особенности игрового процесса Danganronpa 2: Goodbye Despair по сравнению с первой частью:

• Перемещение по острову в 2D. 13 На отдельных трёхмерных частях острова можно ходить героем с видом из глаз, а в комнатах — орудовать курсором. 3
• Изменения в классном суде. 1 Во время безостановочных переговоров теперь появляются синие фразы. 1 В отличие от оранжевых фраз, в которые стреляют, чтобы отметить противоречащую информацию, в синие фразы можно стрелять, чтобы предоставить информацию, подтверждающую это утверждение. 1
• Новые мини-игры. 1 Например, «Логическое погружение» (Logic Dive) — смесь гонок, платформера и викторины, а также «Опровергающее столкновение» (Rebuttal Showdown), в котором безостановочные переговоры совмещены с разрубанием аргументов. 12