Некоторые основные отличия игрового процесса HeartGold от предшествующих версий серии:

• Разделение на физическое и специальное. 1 В HeartGold тип хода определяет, является ли ход физическим или особенным. 1 Это позволило сделать некоторых покемонов сильнее, чем в оригинальных играх. 1
• Новые функции. 1 Например, Pokéathlon, который служит источником забавных мини-игр и способом раннего получения эволюционных камней. 14 Также в игре есть зона Safari, которая помогает поймать определённого покемона раньше. 1
• Возможность сразиться с Элитной четвёркой. 1 У этих персонажей более сильные покемоны, и в HeartGold можно провести матч-реванш. 1
• Улучшенная графика. 45 В игре яркие цвета, детальные спрайты и улучшенные анимации. 4