The Legend of Zelda: Skyward Sword считается одной из самых экспериментальных игр серии по нескольким причинам:

• Нестандартное управление. 4 В игре используются механики, завязанные на сенсоре движения: щит и меч, метание бомб, пилотирование дрона. 4 Геймпад в руке превратили в полноценный меч, позволяющий игроку контролировать угол удара. 4
• Головоломки с перемещением во времени. 4 Чтобы переместиться из настоящего в прошлое и наоборот, игрок должен активировать кристалл-переключатель, который изменит состояние окружения, но только в небольшом радиусе действия кристалла. 4
• Подсказки в окружении. 4 В игре есть тип головоломок, в которых порядок активации объектов зашифрован в декоративных элементах окружения. 4
• Использование ограничителей пространства. 4 В секциях с обучением новым механикам разработчики используют ограничители пространства, которые вынуждают игрока двигаться по нужному маршруту. 4
• Участие музыки в игровом процессе. 1 В игре музыка участвует в игровом процессе, что отличается от предыдущих частей серии, где музыкальные инструменты были неудобны в использовании и имели ограниченное количество нот. 1