Игры Prototype и Infamous часто сравнивают, потому что у них есть некоторые схожие элементы: открытый мир для исследования и главный герой со сверхспособностями. 12
Однако, по мнению сайта noobfeed.com, сравниваемые игры разработаны по разным принципам и имеют разные особенности. 2 Например, в Infamous сюжет и способности героя зависят от принятых решений, в то время как в Prototype доступны только определённые улучшения, а сюжет не имеет разветвлённых путей. 2
Кроме того, локации в играх отличаются: в Prototype 1 и 2 — восстановленная версия Нью-Йорка, а в Infamous 1 и 2 — вымышленные локации: Империя-Сити и Нью-Марай. 2