Файлы сохранения компьютерных игр хранятся в отдельных папках по разным причинам, среди которых:
  - Конфигурация, установленная разработчиком.                                                                          www.easeus.com                       Некоторые игры сохраняют файлы в собственных папках.                                                                          www.easeus.com                       
  - Разные части программы.                                                                          yandex.ru                       В операционных системах семейства Windows есть стандартные пути для хранения разных «частей» программы.                                                                          yandex.ru                       При сохранении файлов игры в указанную пользователем папку может быть создано несколько папок и файлов, которые нужны для работы программы и хранятся в других системных папках.                                                                          yandex.ru                       
  - Поддержка кроссплатформенных сохранений.                                                                          pikabu.ru                       Если игра поддерживает такую функцию, то данные синхронизируются между устройствами, но физически они хранятся отдельно — на ПК и на другой платформе в разных папках.                                                                          pikabu.ru                       
  
 Таким образом, хранение файлов сохранения в отдельных папках связано с особенностями конкретной игры и её конфигурации.