Основной сюжет игры Assassin’s Creed IV: Black Flag разворачивается в Вест-Индии во времена Золотого века пиратства (с 1715 по 1722 год). 4
Главный герой, Эдвард Кенуэй, участвует в заговоре между высокопоставленными тамплиерами в Британской и Испанской империях. 12 Они хотят найти Мудреца (Бартоломью Робертса), который может привести их к Обсерватории — устройству Первой Цивилизации, которое может следить за любым человеком в любой точке мира. 12 Тамплиеры намерены использовать Обсерваторию для шпионажа и шантажа мировых лидеров. 1
Тем временем знаменитые пираты Карибского моря мечтают о пиратской утопии, где человек волен жить вне власти королей и правителей. 1 С помощью Эдварда они захватывают Нассау и создают пиратскую республику. 1 Однако неумелое управление государством, отсутствие экономики и вспышка болезней приводят к тому, что Либерталия близится к краху. 1
Эдвард тщетно пытается разрешить конфликт, чтобы помешать тамплиерам использовать эту ситуацию в своих целях. 1 В конце концов, Эдвард и Робертс раскрывают местонахождение Обсерватории и получают артефакт, приводящий её в действие, но Робертс в последний момент предаёт Эдварда. 12
После непродолжительного пребывания в тюрьме за преступления, связанные с пиратством, Эдвард устраивает побег с помощью А-Табая, ассасина-наставника, и решает присоединиться к их Ордену. 12 Преследуя и убивая Робертса и заговорщиков-тамплиеров, Эдвард находит артефакт и возвращает его в Обсерваторию, запечатывая навсегда. 12