Нет единого мнения о том, какой мод на «Сталкер» считается самым лучшим. Несколько модификаций, которые называют хорошими:

• Anomaly. 12 Глобальная модификация, которая предлагает множество улучшений. 1 Разработчики доработали многие игровые механики и локации, улучшили визуал, а также добавили новые сюжетные линии. 2
• Oblivion Lost Remake 3.0. 1 Создатели модификации вернули «настоящий S.T.A.L.K.E.R.», планировавшийся ещё в 2003 году. 1 Stalker Oblivion Lost добавляет убранные локации, мутантов, виды оружия и даже целые сюжетные ветки. 1
• «Пространственная аномалия». 15 В этой модификации игроки перевоплощаются в сталкера по кличке Зверь, который попадает в пространственный пузырь. 1 На новом месте приходится бороться с постоянным дефицитом всего необходимого. 1

Выбор лучшего мода зависит от личных предпочтений игрока.